取得、刪除與變更是不同的操作
第359條列出的行為包括取得、刪除、變更。只把條文理解成「刪光資料」會漏掉未經許可匯出檔案、修改內容等可能的爭點。但看到下載或修改紀錄，也不能立即認定犯罪；還須確認對象、無故行為及損害。
郵件、資料庫內容、共用資料夾中的檔案等，可能涉及電磁紀錄。應先指出實際被處理的資料、所在系統及操作前後差異，而不是只用「公司機密」或「我的工作成果」命名。一份檔案由誰撰寫，與誰能依什麼範圍刪除，是需要分開說明的事實。
清理信箱的權限不一定包括報復性刪除
例行清除重複檔案、依公司規範整理郵件，和因勞資爭議把共用資料移除，應對照各自的授權與目的。管理員權限能讓使用者執行操作，卻不會自動證明每次操作均有正當理由。公司事後不滿，也不能取代對原有許可範圍的查明。
可比對工作規則、刪除指示、主管核准、離職交接及權限調整紀錄。若對方主張誤操作，則可檢視操作流程、確認畫面、批次處理的範圍及事後處理經過，不能只憑檔案消失就推定故意報復。
能否復原，和是否已受損害不同
本條使用「致生損害」，要求公眾或他人的損害確實發生，不是只證明有造成損害的可能。主張業務停頓、資料失準或支出復原費用時，需指出發生時間、具體影響及與該次操作的連結。抽象地說公司受害，仍不足以交代結果要件。
備份能復原可能影響損害的程度，也可能說明資料沒有永久喪失；然而在復原之前是否中斷作業、是否必須投入復原工作，仍應查清。反過來說，不能把每筆IT維護支出都算到被指控者身上，正常維護、其他故障與本次刪改的成本應區分。
復原作業也會改變現場
發現資料異常後，營運可能需要立即復原。可在可行範圍內保留原始日誌、備份時間、版本差異與復原步驟，使後來仍能追查何時由哪個帳號執行何種操作。若只留復原後的畫面，往往難以還原先前狀態。
截圖能顯示某個時間點的畫面，但原檔、系統紀錄及匯出方法可補足來源脈絡。資料需要交給技術人員處理時，可記載交付對象與作業內容，避免為測試而在原資料上反覆覆寫。這些做法是保全線索的建議，並非一項證據就能證明操作者、故意與全部損害。
告訴與其他行為的評價各自處理
第363條將第359條列為告訴乃論；刑事訴訟法第237條的六個月，從有告訴權的人知悉犯人時起算。公司資料遭刪除時，還須確認受害及權利主體，以及提出告訴的人是否有適當權限，不能只看檔案儲存在誰的電腦。
第238條允許第一審辯論終結前撤回告訴，撤回者不得再行告訴。恢復檔案或賠償費用與撤回告訴並不相同。若另有侵入系統等行為，還須依第358條等規定分別判斷；沒有第359條所需的損害，不表示其他法律問題也一併消失。
刑法第358條 · 刑法第363條 · 刑事訴訟法第237條 · 刑事訴訟法第238條
提出資料時保留對自己不利的脈絡
刪除前後若有主管指示、同事共同操作或系統自動清理，也應連同有利與不利的紀錄保存。只剪取一句「我刪了」可能漏掉其所指的檔案、是否依指示處理及是否已復原；只保留一句「請整理」也可能看不出指示實際範圍。
整理資料時可另外製作說明副本，標出所爭執的時間與操作，不要改動原始訊息。事後的說明可以補充理解，但不能取代當時的內容。對於尚未查明的損害金額或操作人，宜區分已確認的事實與推論，讓每一項主張仍能回到原始來源。