差在行為性質與適用法律。以性要求、具有性意味或性別歧視之言行造成敵意、脅迫或冒犯的工作環境，或作為勞務條件的交換，屬性別平等工作法的性騷擾；利用職務或權勢等關係，逾越業務上必要且合理範圍，持續以不當言行致身心健康遭受危害，屬職業安全衛生法的職場霸凌；情節重大者，不以持續發生為必要。兩者兼具時，雇主應各依兩套程序辦理，並按申訴人意願併予調查訪談、避免重複詢問（職場霸凌防治措施準則第27條）。
兩個定義
職場霸凌：勞工於勞動場所執行職務，因其事業單位人員利用職務或權勢等關係，逾越業務上必要且合理範圍，持續以冒犯、威脅、冷落、孤立、侮辱或其他不當之言詞或行為，致其身心健康遭受危害；但情節重大者，不以持續發生為必要（職業安全衛生法第22條之1第1項）。
職場性騷擾有兩種（性別平等工作法第12條第1項）：
- 敵意環境型：受僱者於執行職務時，任何人以性要求、具有性意味或性別歧視之言詞或行為，對其造成敵意性、脅迫性或冒犯性之工作環境，致侵犯或干擾其人格尊嚴、人身自由或影響其工作表現。
- 交換條件型：雇主對受僱者或求職者為明示或暗示之性要求、具有性意味或性別歧視之言詞或行為，作為勞務契約成立、存續、變更或分發、配置、報酬、考績、陞遷、降調、獎懲等之交換條件。
認定性騷擾時，應就個案審酌事件發生之背景、工作環境、當事人之關係、行為人之言詞、行為及相對人之認知等具體事實（同條第4項）。適用上，工作場所性騷擾事件除校園性騷擾事件外，依性別平等工作法處理（同法第1條第2項；性騷擾防治法第1條第2項）。
比較表
| 項目 | 職場霸凌 | 職場性騷擾 |
|---|---|---|
| 主要依據 | 職業安全衛生法第22條之1至第22條之3；職場霸凌防治措施準則（以下簡稱準則） | 性別平等工作法第12條、第13條、第32條之1；工作場所性騷擾防治措施準則 |
| 行為人 | 事業單位人員，利用職務或權勢等關係 | 任何人（敵意環境型）；雇主（交換條件型） |
| 行為內容 | 冒犯、威脅、冷落、孤立、侮辱或其他不當之言詞或行為；定義未要求與性或性別有關 | 性要求、具有性意味或性別歧視之言詞或行為 |
| 可逕向地方主管機關申訴 | 被申訴人為最高負責人（第22條之3第1項） | 被申訴人屬最高負責人或僱用人；或雇主未處理、不服調查或懲戒結果（第32條之1第1項） |
| 向地方主管機關申訴期限 | 行為終了起3年；事件發生時在職者，得於離職之日起1年內（第22條之3第2項） | 非權勢：知悉起2年、行為終了起5年；權勢：知悉起3年、行為終了起7年（第32條之1第2項）；另有特別規定（同條第3項） |
| 雇主處理期限 | 未滿30人3個月、30至99人4個月，均得延長1個月（準則第21條）；100人以上依第17條、第18條計算 | 接獲申訴翌日起2個月內結案，必要時得延長1個月（工作場所性騷擾防治措施準則第18條第1項） |
| 通報 | 受理翌日起7個工作日內登錄系統（準則第11條；職業安全衛生法第22條之2第3項） | 接獲申訴時通知地方主管機關，認定屬性騷擾者並通知處理結果（性別平等工作法第13條第4項） |
| 不利處分禁止 | 準則第20條；職業安全衛生法第39條第4項 | 性別平等工作法第36條 |
兩者兼具時：併案處理
準則第27條規定，職場霸凌申訴事件涉及工作場所性騷擾行為者，雇主應各依職場霸凌防治措施準則及工作場所性騷擾防治措施準則所定之程序辦理；並應按申訴人之申訴意願及內容，就所涉事項併予調查訪談或釐清事實，避免重複詢問。
被申訴人為最高負責人而向地方主管機關申訴時，也有相同設計：各依該辦法及地方主管機關受理工作場所性騷擾事件申訴處理辦法所定之程序辦理，併予調查訪談，避免重複詢問（地方主管機關受理最高負責人職場霸凌事件申訴處理辦法第19條）。
依條文文字，兩套程序是「各依」規定辦理，組成、期限與通報規定須分別符合；「併予調查訪談」則讓申訴人不必就同一段經過反覆陳述。
申訴時怎麼寫
- 依日期排列事件，每一筆註明行為人、場合、在場者與具體言行。
- 與性或性別有關的言行，具體寫出內容，不要只概括為「被霸凌」。
- 表明是否希望併予調查訪談，以及對隔離等措施的意願（準則第7條第1項第1款；工作場所性騷擾防治措施準則第6條第2項第1款）。
- 兩套期限的起算方式不同，應及早提出。
刑事面的差異
若涉及乘人不及抗拒的親吻、擁抱或觸摸隱私處，可能另成立性騷擾防治法第25條之罪（告訴乃論；依性別平等工作法第38條之4，職場性騷擾事件亦適用），告訴期間與提告方式見〈被性騷擾了怎麼辦？〉。
職業安全衛生法就職場霸凌所定罰則，是對雇主或最高負責人處以罰鍰（第43條、第45條、第46條）；具體言行是否另涉公然侮辱、誹謗、恐嚇危害安全等罪（刑法第309條、第310條、第305條），須個別判斷，參見職場霸凌會變成刑事案件嗎？告訴乃論之罪，應自知悉犯人之時起6個月內告訴（刑事訴訟法第237條第1項）。